Benthos vormt een zeer belangrijke schakel in de estuariene voedselketen. De biomassa deposit-feeders en suspension-feeders zijn dan ook twee toestandsvariabelen van het ecosysteemmodel. Door het vrijwel ontbreken van data over benthos in het zoetwatergetijdengebied wordt binnen OMES de ruimtelijke verspreiding van het macrozoöbenthos in de Zeeschelde bepaald. Dit omvat het meten van de soortensamenstelling, diversiteit , densiteit en biomassa langsheen de longitudinale gradiënt (grens-Gent) en de verticale gradiënt. Voor de ruimtelijke spreiding werd éénmalig bemonsterd in het najaar van 1996 in drie dieptezondes in het sublitoraal en drie dieptezones in het intertidaal en dit in alle modelcompartimenten.
Naast deze éénmalige grootschalige kartering loopt in het brakke deel van de Zeeschelde een uitgebreid monitoringsprogramma van de benthische fauna op zowel de slikken als sublitoraal.
